El Centro Estatal de Justicia Alternativa (CEJA) es la dependencia del Poder Judicial encargada de promover la mediación y la conciliación como mecanismos alternativos de solución de controversias entre particulares, conforme a los principios, bases, requisitos, condiciones y procedimientos previstos en la Ley General de Mecanismos Alternativos de Solución de Controversias y en la Ley de Mecanismos Alternativo de Solución de Controversias del Estado de Baja California Sur.

Con el Acuerdo General de Presidencia 001/2001 del 1 de enero de ese año, fue creado el CEJA e inició sus operaciones como Centro de Mediación del Poder Judicial del Estado de Baja California Sur, siendo el tercer órgano de su tipo en haberse constituido en México, solo después de sus homólogos en los Estados de Quintana Roo (1999) y Querétaro (2000); y el segundo en haberse integrado en forma posterior a un proceso de formación especializada de las y los mediadores a cargo del Instituto de Mediación de México, con el valioso apoyo de la Academia Nacional de Seguridad Pública.

Actualmente, sus atribuciones están establecidas en los artículos del 169 al 174 Bis de la Ley Orgánica del Poder Judicial del Estado de Baja California Sur publicada en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado el 31 de diciembre de 2016, así como por el artículo 109 del Reglamento Interno del Consejo de la Judicatura publicado en mismo órgano de difusión normativa el 31 de enero del 2018.